大正１３年（１９１４）に建てられ、１００年以上の風雪に耐えてきた駅舎を、「木造駅舎の木のぬくもり」「懐かしい雰囲気」が失われないよう柱１本に至るまで活かした「再生工法」により改修・再生。
　駅舎内にはカフェと観光案内、交流スペースが一体となった観光案内交流施設「なないろ」があり、日替わり店主カフェが人気となっています。
　また、駅前には日野駅や近江鉄道に関する資料や鉄道用品を展示する「鉄道資料展示室」や駅舎南側には国内に数台といわれている車両移動機「タッグローダー」も展示されており、日野駅はまるごと鉄道ミュージアムとなっています。