紫式部ゆかりの寺。広い境内の各所にある桜の木々が薄紅色の花を咲かせ、境内にある天然記念物硅灰岩の黒灰色に彩りを添え、一層美しさを増します。近江八景「石山の秋月」の月見亭から見る桜、また近くの瀬田川岸の桜と見るポイントは数多くあります。

品種：ソメイヨシノ、山桜、八重桜 1,500本（瀬田川流域含む）

「薫の苑(においのその)」をはじめとする３ヵ所の梅園があり、紅梅や白梅の約４０品種４００本の梅が植えられています。

石山寺の本堂内には紫式部が「源氏物語」の構想を練ったと伝えられている、「源氏の間」があります。名月の夜、石山寺で月の美しい風景に感動した紫式部は、須磨・明石の巻から書き始めたといいます。瀬田川沿いの紅葉もきれいです。

「源氏の苑」に約800株のアジサイが初夏を彩ります。本堂裏でも見ることができます。

紫式部が寺で「源氏物語」の構想を練ったと伝わる事にちなみ名付けられた「源氏の苑」に約300本植えられています。

約2000株の花菖蒲が6月に花の盛りを迎えます。無憂園と呼ばれる美しい庭園に咲き、菖蒲の薄紫が幻想的な世界を表現します。

山門を抜けると、キリシマツツジ、ヒドラツツジが瀬田川の川岸から境内に至るまで数十本植えられており、広い境内や参道は紅や桃色など色とりどりのツツジに埋めつくされ、華やかさを増します。

豊浄殿から無憂園までの遊歩道あたりに白いハギ・赤いハギが咲きます。（ミヤギハギ、ユメハギ等5種）