日吉の馬場と呼ばれる日吉大社の表参道に約300本の桜が咲き乱れます。4月12から14日の山王祭の時期には屋台の出店もあります。
ソメイヨシノ、山桜など様々な種類の桜があります

滋賀県随一の紅葉の名所として知られ、広い境内に約3000本ものモミジやカエデが秋の彩りを添える。
日吉大社では１１月の一ヶ月間を「もみじ祭」と題しています。
期間中はみたらし団子、うどんやおでんのお食事処もあり
紅葉をごゆっくりと楽しむことができます。
11月下旬にはライトアップも行われ、境内を彩る紅葉とライトの幻想的な風景は参拝者の心を打ちます。

西本宮手前の春日丘に見事な藤棚があります。