JR近江高島駅の東南約150mにあります。石垣に囲まれた小高い森が、大溝城の本丸跡です。
大溝城は新庄城（旧新旭町）にいた織田信澄（のぶすみ）（信長の甥）が、天正6年に築城したもので、高島郡内から商家や寺院などを移して城下町を造りました。本丸の南東の乙女ヶ池は琵琶湖の内湖で、古地図によると、大溝城はこの内湖を巧みに利用した水城であり、「鴻溝（こうこう）城」とも呼ばれました。江戸時代に分部光信（わけべみつのぶ）が大溝藩主になると、この地を陣屋として12代光謙（みつのり）の明治維新までその統治が続きました。