明治時代までは草平社と呼ばれていた。菌とは「きのこ」のこと。637年頃武田折命が乳母の田を植えたところ一晩できのこが生えたという由来がある。
「きのこ」を祀った珍しい神社。
５月５日の例大祭では、ジャコのナレズシが供えられる。