小室（こむろ）城主で、千利休、古田織部とともに日本三大茶人としても名高い小堀遠州（こぼりえんしゅう）（1579-1647）の菩提を弔うために、2代目城主宗慶（そうけい）（正之）が、江戸時代前期、京都大徳寺（だいとくじ）から僧円恵（そうえんけい）を招いて開山した臨済宗大徳寺派の寺。遠州が京都大徳寺に建立した孤篷庵にちなんで、近江孤篷庵としました。小堀家の菩提寺でしたが、江戸時代後期、伏見奉行を勤めていた6代目藩主政方（まさみち）の時に、小堀家改易とともに衰え、明治維新後無住のままに荒廃していました。昭和40年（1965）小堀定泰（こぼりじょうたい）が再建し、「遠州好み」の庭も同時に補修整備されました。
庭園は、本堂南にある簡素な石組の枯山水と、東に面した池泉回遊式（ちせんかいゆうしき）庭園があり、県の名勝に指定されています。自然の地形を活かした趣（おもむき）のある設計で、近江八景を模したといわれます。春はツツジ、５月は新緑、秋は紅葉が美しい。