JR安土駅の南西約700m、東海道本線のすぐ南の家並みはずれにあります。近江源氏佐々木六角氏の菩提寺として建てられた慈恩寺（じおんじ）の旧地に、安土・桃山時代、織田信長が安土城築城とともに創建し、近江・伊賀国両国の浄土宗総本山としたのが始まりです。
　境内には、入母屋造の楼門・近江八幡から移された本堂・釈迦堂・鐘楼などが立ち並び、本堂には、その重厚な雰囲気にふさわしい本尊木造阿弥陀如来像が安置されています。
　また、この寺は仏教史上有名な安土宗論が行われたわれた寺としても知られています。安土宗論とは、織田信長の命により仏殿で行われました、浄土宗と日蓮宗の教義上の論争です。織田信長は、他宗をそしり、事あるごとに他宗と衝突する日蓮宗を抑えようとして、浄土宗側に有力な裁定を下したといわれます。日蓮宗側は処罰され、これ以後他宗への法論を禁じられた（自ら慎んだという説もある）といわれています。
〈重文〉浄厳院本堂　絹本著色山王権現像　木造阿弥陀如来坐像　厨子入銀造阿弥陀如来立像 厨子入銅製舎利塔　楼門　絹本着色阿弥陀聖衆来迎図