長尾寺は、仁寿年間（851〜854年）に僧三修によって創建されたと伝えられる伊吹山寺の一寺院です。

伊吹山寺とは伊吹山に展開した山岳寺院で、弥高護国寺・太平護国寺・観音護国寺と長尾護国寺をさします。

元慶二年（878年）には、国家公認の定額寺となります。寺の縁起書には白雉二年（651年）の開基と記されています。文和年間（1352〜1356年）に、僧深宥が荒廃していた堂塔に修繕を加え、壮観を旧に復したといいます。最盛期には四九坊があったと伝わります。