元は禅宗の林慶寺と言いましたが天正１６年（１５８８）岡山城主中村一氏が同寺を香花院と定め、小田原の大蓮寺の僧叡誉に寺の建造を依頼し、浄土宗に改め浄慶寺と号しました。その後、層叡誉が家康の幼児の学問の先生だったことから家康が来訪して寄附しました。家康は上洛の際に宿泊もし、慶長７年（１６０２）大徳寺と改めさせました。