文明元年（１４６９）僧全長、池原村字新堂に阿弥陀如来を本尊とする浄土宗の一宇を開き全長坊（ぜんちょうぼう）と称す。大永６年（１５２６）全長示寂を前に禅門に帰依し、同郡椿坂村曹洞宗桂照院二世頤正全養に請うて全長坊を託す。慶長２年（１５９７）頤正禅師、全長の意を受け全長坊を曹洞宗に転じ、寺名を久沢山全長寺と改め、当寺の開山となる。
安永６年（１７７７）池原、国安、文室、東野、今市の五ヶ村より現在の境内地の寄進を受けた。十世泰蟠童龍禅師は１５ヶ年の歳月を費し、此の地を開いて七堂伽藍を建立し、寛永２年（１６２６）この地に移り中興の祖となる。門前の杉の老木は当時のものである。以来法灯連綿として今日に至っている。
　またこの附近は賤ヶ岳合戦の古戦場で寺をとりまく四囲の山々には今も陣地跡が残っている。中でも北方林谷の砦跡は柴田勝家の身代わりとなった毛受勝助兄弟が、数千に及ぶ秀吉軍と壮烈な戦いを繰り返し全員討死した所である。山麓毛受（めんじゅ）の森には兄弟の墓がある。
　全長寺（ぜんちょうじ）は古くより毛受兄弟の菩提寺として、また賤ヶ岳合戦に武運拙く此の地に果てし多くの無名戦士達の霊の供養を続け今日に至っている。
　全長寺境内観音堂には、馬頭観音菩薩像が安置されており、池原村別所山（べっしょやま）上にあった天台宗万福寺の本尊であった。万福寺は戦国時代の戦火で焼失した。その後慶長１６年（１６１１）山麓に再建されたが、明治に入り寺院の老朽により、本尊馬頭観音像は全長寺境内観音堂に移され今日に至っている。