重厚な石垣に覆われた『山城』の趣が漂う天台宗の寺院。
近江の最古級寺院で、今から1400年の昔、推古14年（606年）に、聖徳太子が百済人のために押立山（771.8ｍ）の中腹に百済国の「龍雲寺」を模して創建された。
龍雲寺と百済寺のご本尊は、同一の巨木から彫られた「同木二体」の十一面観世音菩薩と伝わる。
開闢法要には、高句麗僧恵慈をはじめ百済僧道欽が仕え、暦を伝えた観勒も永く住したと言われている。
その後、鎌倉時代には、「天台別院」と称され中枢部の300坊に加えて総計1000坊、1300余人を擁する大寺院となりましたが、室町・戦国時代には度重なる兵火、とくに天正元年4月11日に信長の焼討を受け、ルイス・フロイスは『地上の天国：Facusangi一千坊』の消失を惜しんでいます。
江戸初期になって、井伊家、春日局、甲良豊後守等の寄進を得て現在の本堂・仁王門・山門等が再建されました。
往時の姿は、「石垣参道」、棚田のような「一千坊跡群」、「千年菩提樹」などから偲ぶことが出来ます。
＜重文＞絹本著色日吉山王神像、紺紙金泥妙法蓮華経入黒漆蒔絵函、金銅唐草文磐、桧皮葺本堂。
＜備考＞「近江西国霊場第十六番札所」
　　　　「湖東二十七名刹第十一番」
　　　　　五木寛之「百寺巡礼」第三十五番
　　　　　本尊「植木観音」：NHK『にっぽん心の仏像百選』
【百済寺庭園】・・・通称：『天下遠望の名園』
百済寺山門（赤門）から石垣参道に沿って400mほど登ったところに本坊喜見院（きけんいん）があり、その表門内側の書院に面して壮大な池泉回遊・鑑賞式庭園があります。
庭園頂部の遠望台前面には、比叡山や湖西の山々が、背面には鈴鹿山脈を借景に取り込み旧庭園の石と山内の谷川から運んだ巨石を組み合わせて築庭されています。
池畔の平らな石を「拝み石」、渓流の源に配された石を「不動石」と呼び、自然の谷川の水が石の間を渓流となって流れ、池に落ちるように造られ、多くのコイが泳いでいます。
この百済寺は、北緯35度線上にあり西に向かって、太郎坊・比叡山・次郎坊（鞍馬山）を経て西方880kmの彼方には「百済国」がありました。
多くの渡来人は百済寺の地から「望郷・遠望の想い」で母国を偲んだと言われております。

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